Se desconoce la etiología de la clinodactilia. El mecanismo común de desviación implica una anomalía en el crecimiento de la falange media que inclina la alineación de una superficie articular interfalángica - comúnmente la articulación interfalángica distal - en relación con el eje del dedo.
Una etiología común es la formación de una 'falange deltadentro de la falange media. Esto también se conoce como epífisis longitudinal entre corchetes o corchete epifisario longitudinal. En lugar de la fisis transversal normal, esta fisis orientada longitudinalmente se extiende alrededor de la falange en forma de 'C' con la parte abierta hacia el cúbito. La restricción longitudinal en el lado no abierto da lugar a un crecimiento sin restricciones del lado opuesto. Se produce una falange media en forma de cuña con desviación de la superficie articular de la articulación interfalángica distal.
Ocasionalmente, una deformidad similar se debe a una banda fibrosa en el lado del cúbito del dedo que actúa como una banda constrictora externa.
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