Entre los efectos secundarios frecuentes de la cisaprida se incluyen:
- calambres abdominales
- borborigmos
- aumento de la frecuencia de las deposiciones
- diarrea
- dolores de cabeza
- mareos
Raramente
- convulsiones
- efectos secundarios extrapiramidales
- frecuencia urinaria
- alteración de las pruebas de función hepática
- Arritmias: prolongación del QT, arritmias ventriculares, torsades de pointes; especialmente cuando los niveles de cisaprida son elevados o en presencia de prolongación del QT existente
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