Se desconoce el mecanismo exacto de acción de la cisaprida. La hipótesis es que actúa mediante una acción colinérgica indirecta, por ejemplo, acentuando la liberación de acetilcolina en el plexo mientérico. También puede actuar a través de los receptores 5HT, pero no a través de la activación dopaminérgica.
Aumenta la motilidad en todo el intestino y la frecuencia de las deposiciones.
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