En la rotación incompleta del intestino, la rotación del celoma extraembrionario es sólo de unos 90 grados en sentido contrario a las agujas del reloj. El colon y el ciego vuelven primero al abdomen y ocupan el lado izquierdo. El lado derecho del abdomen está ocupado por el intestino delgado. El intestino delgado está suspendido por una unión mesentérica muy estrecha de 1 cm entre el ciego y la flexura duodenoyeyunal.
Esta afección conlleva un alto riesgo de vólvulo en los primeros días de vida. El resultado puede ser un infarto total del intestino delgado.
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