Probablemente son múltiples los factores que intervienen en la patogénesis del síndrome fibromiálgico. Sin embargo, se cree que las alteraciones del sueño son de gran importancia:
- hay una pérdida de sueño no REM
- se puede inducir un síndrome similar a la fibromialgia en voluntarios normales privándoles del sueño no REM
La reducción de la capacidad aeróbica también puede ser importante.
Los síntomas afectivos están asociados al síndrome fibromiálgico, pero se desconoce si son primarios o secundarios.
No hay pruebas que apoyen una causa vírica del síndrome de fibromialgia.
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