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Un abcès périanal se forme généralement à la suite d'une infection survenant dans une glande périanale. Ces glandes, au nombre de 10 à 15, sont situées entre les sphincters anal interne et externe. Elles se déversent dans de minuscules fosses situées à la base des colonnes anales, le long de la ligne dentelée. Les canaux par lesquels les glandes s'écoulent sont très petits et peuvent être obstrués par les matières fécales, ce qui déclenche une infection. L'abcès qui en résulte se situe entre les sphincters anaux et tend à se diriger vers la peau au niveau de la marge anale. L'abcès peut se propager latéralement dans la fosse ischiorectale ou, rarement, au-dessus du releveur de l'anus, dans la fosse pararectale.
Diverses affections prédisposent aux abcès périanaux, notamment la tuberculose, l'actinomycose, le carcinome mucineux et les maladies inflammatoires de l'intestin, en particulier la maladie de Crohn.
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