Le diaphragme est issu de quatre sources embryologiques qui fusionnent dans le cou et descendent ensuite :
- le septum transversum ; il forme finalement le tendon diaphragmatique central
- les membranes pleuro-péritonéales
- le mésoderme mésentérique dorsal :
- forme finalement la section médiane du diaphragme
- comprend la crura et le mésentère autour de l'œsophage et de la veine cave
- le mésoderme dorsal de la paroi corporelle :
- l'élargissement relatif des poumons sépare la surface intérieure de la paroi corporelle
- la couche la plus interne de cette division forme les bords périphériques de l'éventuel diaphragme
- le mésenchyme du septum transversum migre dans cette zone pour former le muscle squelettique :
- les myoblastes dérivent de C3-5
- en descendant, ils apportent leur approvisionnement en nerfs
L'échec de la fusion tissulaire de l'une des quatre masses peut conduire à des espaces potentiels qui sont traversés pour produire une hernie diaphragmatique congénitale, par ex :
- le foramen de Bochdalek conduisant à la hernie de Bochdalek
- Foramen de Morgagni conduisant à une hernie de Morgagni