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La couleur des cheveux dépend de nombreux facteurs, dont l'un des principaux est le nombre de mélanocytes qui migrent dans la matrice du cheveu et le type de mélanines qu'ils produisent. Les eumélanines produisent des teintes brunes, les phaémélanines des teintes rouges. Une production réduite de pigments peut conduire à un défaut de cheveux gris ou blancs ; ceci est également le résultat de petites bulles d'air dispersant la lumière à l'intérieur de la moelle.
Dans les cheveux non teints, la couleur peut parfois aider au diagnostic.
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