Les phagocytes peuvent également tuer les microbes engloutis par des mécanismes n'impliquant pas le métabolisme aérobie. Il s'agit notamment de la réduction du pH dans les phagolysosomes par l'action d'hydrolases acides.
En outre, les granules des neutrophiles contiennent une variété d'enzymes qui contribuent à la destruction des microbes, par exemple
- lysozyme : hydrolyse l'enveloppe bactérienne glycopeptidique
- lactoferrine : protéine liant le fer qui l'éloigne des enzymes microbiennes.
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