Si un kyste épidermoïde est infecté, il doit d'abord être incisé, drainé et cultivé. Si le drainage ne résout pas l'infection, il faut commencer à administrer des antibiotiques. De manière empirique, un agent anti-staphylococcique est utilisé si les cultures et les sensibilités sont retardées, car il s'agit de l'organisme infectieux le plus courant. L'ablation formelle du kyste ne doit être tentée que lorsque l'infection et l'inflammation se sont résorbées.
Un kyste non infecté peut être retiré sous anesthésie locale. S'il est bien encapsulé, il est généralement possible d'énucléer un gros kyste par une petite incision avec une rétraction adéquate. Il faut essayer de maintenir la dissection au ras de la paroi du kyste pour éviter d'endommager les structures environnantes. La tension du contenu du kyste aide à l'identification ; si le kyste se rompt pendant l'ablation, il vaut la peine d'essayer de suturer le trou pour retenir le contenu résiduel. Inversement, lors de l'ablation d'un kyste très volumineux, l'aspiration d'une partie du contenu au début peut faciliter la délivrance par une petite incision.
Toute la paroi du kyste doit être enlevée pour éviter une récidive.
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