L'examen microscopique des échantillons de biopsie cutanée est important pour exclure d'autres causes d'ulcération cutanée.
Les caractéristiques histopathologiques du pyoderma gangrenosum ne sont pas spécifiques, mais les éléments suivants sont compatibles avec le diagnostic :
- infiltration massive de neutrophiles
- hémorragie
- nécrose de l'épiderme
- formation d'abcès
Les caractéristiques suivantes vont à l'encontre du diagnostic de pyoderma gangrenosum :
- aspect vasculaire prédominant
- formation de granulomes
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