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Les causes de l'aménorrhée primaire et secondaire se chevauchent, mais la distinction est informative. L'aménorrhée secondaire indique que les voies génitales inférieures sont perméables, que l'endomètre a répondu aux hormones ovariennes et que les ovaires ont répondu aux gonadotrophines. Les exceptions comprennent les interventions chirurgicales sur l'endomètre ou le col de l'utérus, qui provoquent rarement des adhérences intra-utérines ou une sténose du col de l'utérus, respectivement.
Les troubles congénitaux se manifestent généralement par une aménorrhée primaire :
Cependant, toute cause d'aménorrhée secondaire peut se présenter comme une aménorrhée primaire si elle survient avant l'âge de 16 ans.
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