L'hypothalamus joue un rôle majeur dans le contrôle de divers systèmes endocriniens.
Il agit sur l'hypophyse de deux manières principales :
- par la sécrétion d'hormones ou de prohormones, qui sont transportées vers l'hypophyse postérieure
- par la sécrétion d'hormones de contrôle dans la circulation portale hypophysaire - une circulation sanguine allant de l'hypothalamus à l'hypophyse. La plupart de ces systèmes fonctionnent par rétroaction négative, à l'exception notable de l'hormone de libération de l'hormone de croissance et de l'hormone de libération de la gonadotrophine, qui doit être libérée de façon pulsée.
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