Les deux reins sont touchés, ils sont rétrécis et présentent de nombreuses cicatrices sous-capsulaires, bien que certaines parties des reins puissent être épargnées avec des zones de cortex intactes. Les zones cicatrisées sont celles drainées par les papilles nécrosées.
La nécrose peut concerner uniquement l'extrémité de la papille ou une zone beaucoup plus large s'étendant jusqu'à la moelle. Le tissu nécrosé se détache, peut se calcifier ou passer dans l'uretère. En général, il n'y a pas d'inflammation (cf. diabète et pyélonéphrite), c'est-à-dire qu'il y a peu de réaction des neutrophiles au point de séparation.
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