L'examen de référence en cas de suspicion de prolifération bactérienne dans l'intestin grêle est l'aspiration de l'intestin grêle. Ce test est invasif et présente un taux important de faux négatifs.
L'aspiration de l'intestin grêle est commodément réalisée lorsqu'une biopsie est effectuée pour exclure d'autres causes de malabsorption ; à l'aide d'une canule stérilisée et gainée, les échantillons de 2 ml doivent être transportés rapidement au laboratoire pour une culture aérobie et anaérobie.
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