Il y a invariablement une hyperbilirubinémie conjuguée avec des transaminases élevées.
L'examen de première intention est l'échographie du foie, au cours de laquelle il est important de visualiser la vésicule biliaire ; si elle est normale, l'atrésie des voies biliaires est peu probable.
La scintigraphie au radio-isotope peut ne pas visualiser l'arbre biliaire et l'isotope peut ne pas atteindre l'intestin.
La biopsie du foie montre une prolifération des canaux biliaires, des bouchons biliaires, un œdème et une fibrose portale ou périlobulaire, l'architecture lobulaire hépatique de base étant intacte. Cette opération ne doit être entreprise que dans un centre disposant des installations nécessaires pour faire face aux complications potentielles de la biopsie hépatique.
L'atrésie des voies biliaires peut être exclue si un liquide teinté de bile est trouvé lors de l'intubation duodénale.
Une laparotomie peut être nécessaire pour confirmer le diagnostic.
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