- 3-6 échantillons de selles :
rechercher les organismes habituels, y compris les protozoaires, et effectuer une culture pour détecter la présence de mycobacterium avium intracellulare si le nombre de CD4+ve est inférieur à 150/ml.
Si l'analyse des selles ne permet pas d'identifier la cause de la diarrhée et que le patient ne réagit pas au traitement, il faut passer à l'étape suivante :
- biopsie jéjunale - en particulier pour le diagnostic de la microsporidiose, de la MAI et de Giardia
- la biopsie rectale est la seule méthode fiable pour diagnostiquer la colite à CMV
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