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La pancréatite chronique doit être différenciée du carcinome pancréatique, généralement sur la base d'une échographie ou d'un scanner. D'autres tests potentiellement utiles pour différencier ces affections comprennent l'examen cytologique du liquide du canal pancréatique, la biopsie à l'aiguille fine du pancréas et la mesure des marqueurs tumoraux du carcinome pancréatique, par exemple l'antigène carcino-embryonnaire et le CA19-9 (bien qu'ils ne soient pas pathognomoniques du cancer du pancréas).
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