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L'extraction endoscopique des calculs de l'arbre biliaire peut être effectuée après qu'une sphinctérotomie adéquate ait créé une ouverture suffisamment large pour permettre le passage des calculs. Les calculs de plus de 1,5 cm doivent être fragmentés avant d'être retirés. Il peut s'agir d'une dissolution chimique à l'aide d'un cathéter, par exemple le méthyltertbutyléther (MTBE) pour les calculs de cholestérol, ou d'une lithotritie, par exemple l'électrohydraulique endoscopique, le laser pulsé endoscopique ou les ondes de choc extracorporelles.
Pour les calculs plus petits dans la voie biliaire commune, un cathéter à ballonnet est passé au-delà de leur site, distendu, puis tiré vers le haut. Cela a pour effet de pousser les calculs dans le duodénum. On peut également utiliser un panier métallique de type "Dormia". Il est poussé au-delà des calculs, puis ouvert. Il est ensuite tiré vers le haut pour piéger les calculs.
Si un calcul est laissé sur place, des cathéters nasobiliaires et des stents biliaires ont été utilisés avec succès pour permettre un drainage pendant différentes durées.
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