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Les partenaires masculins peuvent être colonisés par Gardnerella vaginalis, et certains organismes responsables de la vaginose ont également été trouvés dans le rectum, ce qui suggère que celui-ci peut constituer un réservoir pour l'infection vaginale.
Le changement initial dans la pathogenèse est probablement une augmentation du pH vaginal de 4,0 à 5,5. Cela est probablement dû à la production d'amines par Gardnerella et Prevotella.
La raison pour laquelle seules certaines femmes sont sensibles n'est pas claire.
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