Les IgA agrégées, les polysaccharides particulaires et les lipopolysaccharides endotoxiniques peuvent contourner l'activation classique de la cascade du complément en activant directement le C3. Il en résulte une activation plus rapide de la cascade alternative par les bactéries Gram négatives que par les bactéries Gram positives.
Le C3 est clivé en C3a et C3b. C3b se lie aux cofacteurs B, D et aux ions magnésium dans la membrane de la cellule cible pour former une enzyme active qui clive d'autres C3. La properdine stabilise cette étape.
C3b, comme dans la voie classique, clive également C5 pour déclencher la formation du complexe d'attaque de la membrane.
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