Les protozoaires sont classés en trois phylles, subdivisées comme suit :
- sarcomastigophora
- sarcodindia - amibies
- mastigophora
- intestinal - giardia
- génital - trichomonas
- sang et tissus - trypanosomes et leishmanies
- ampicomplexa - sporozoaires
- sang - espèces de plasmodium
- tissus - toxoplasme
- intestin - cryptosporidium (þ poumon - pneumocystis a récemment été reclassé comme champignon)
- ciliophores
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