La période d'incubation est très variable, allant de quelques jours à un an. Trois présentations cliniques différentes peuvent être observées :
- antécédents de diarrhée intermittente légère d'apparition progressive, accompagnée d'une gêne abdominale. Souvent, la diarrhée peut être sanglante et contenir du mucus. La diarrhée peut s'accompagner de maux de tête, de nausées et d'anorexie. Il peut y avoir une sensibilité de la fosse iliaque droite. Si l'ensemble du côlon est atteint, il y a une sensibilité abdominale généralisée. Un amoebome peut être palpable et doit être différencié d'une maladie diverticulaire ou d'un carcinome.
- dysenterie amibienne aiguë - fièvre, malaise, douleurs abdominales et diarrhée aqueuse. Au fur et à mesure que la maladie progresse, la diarrhée sanglante avec mucus, le ténesme, l'urgence fécale et les douleurs abdominales avec crampes sévères deviennent prédominants.
- colite fulminante
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