Le titre d'anticorps fluorescent amibien est élevé chez environ 75 % des patients atteints de colite active et chez environ 90 % des patients atteints d'abcès hépatique amibien.
La microscopie des selles ou la biopsie des tissus révèle la présence de kystes ou de trophozoïtes.
La présence de trophozoïtes, mais pas de kystes, confirme le diagnostic de dysenterie amibienne aiguë.
Une atteinte hépatique doit être suspectée si la phosphatase alcaline sérique est élevée. L'échographie hépatique confirme la présence d'un abcès. Le diagnostic peut être confirmé par une aspiration à l'aiguille.
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