Le métronidazole inhibe l'aldéhyde déshydrogénase et provoque l'accumulation d'acétaldéhyde dans la circulation sanguine. Une réaction semblable à celle du disulfirame se produit lors de la consommation d'alcool et le patient peut se plaindre de symptômes tels que des rougeurs au visage, des maux de tête lancinants et des palpitations. Un patient prenant du métronidazole par voie orale doit s'abstenir de boire de l'alcool pendant le traitement et pendant les 48 heures suivant son arrêt.
Dans de rares cas, des réactions ont été signalées lors de l'utilisation de métronidazole par voie vaginale.
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