Le traitement médicamenteux est déterminé par l'existence ou non d'une atteinte du système nerveux central :
- trypanosomiase sans atteinte du SNC :
- la suramine est le médicament de première intention ; elle tue les parasites dans le sang, le système lymphoïde et la moelle osseuse, mais ne pénètre pas dans le SNC
- la pentamidine est un agent de deuxième intention
- trypanosomiase avec atteinte du SNC :
- le mélarsoprol tue les parasites périphériques et centraux mais est toxique
- L'éflornitine est un nouveau médicament qui peut être utilisé dans les infections du SNC dues à T. gambiense.
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