Le traitement par antimétabolite peut entraîner un large éventail d'effets secondaires toxiques. Certains, comme la myélosuppression, sont liés à la dose de médicament et à la durée du traitement. La plupart des antimétabolites ne sont pas administrés quotidiennement, à l'exception de la mercaptopurine et de son précurseur, l'azathioprine.
Certaines considérations pharmacologiques importantes doivent être prises en compte lors de l'administration d'antimétabolites.
Par exemple, une atteinte rénale préexistante ou la présence d'épanchements malins peuvent augmenter la toxicité du méthotrexate. De même, l'utilisation de médicaments non stéroïdiens et anti-inflammatoires peut retarder l'excrétion du méthotrexate et donc augmenter ses effets toxiques.
Par exemple, le traitement à l'allopurinol potentialise fortement l'action de l'azathioprine et de la mercaptopurine en bloquant le catabolisme de ces médicaments.
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