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Le diagnostic de la lèpre est essentiellement clinique. La présence de bacilles acido-alcoolo-résistants dans les frottis de la peau ou de la muqueuse nasale est très évocatrice de la maladie.
Le diagnostic définitif est établi en cultivant les organismes dans les coussinets de souris ou de tatou. Cette méthode est à la fois longue et coûteuse. La réaction en chaîne de la polymérase peut permettre un dépistage rapide et sensible de Mycobacterium leprae, mais elle n'est pas largement disponible.
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