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Les exsudats et les débris inflammatoires, ainsi que les bactéries, peuvent être à l'origine de calculs en fournissant des nids propices à leur formation.
La réaction inflammatoire peut être une réaction chimique à des anomalies de la composition de la bile ou une cholécystose primaire.
Les bactéries peuvent pénétrer dans la vésicule biliaire par reflux du duodénum ou par la circulation sanguine. Une mauvaise vidange de la vésicule biliaire permet aux bactéries de rester et de s'accumuler. La stratification des calculs reflète probablement des périodes épisodiques de pénétration et de précipitation des bactéries.
Des organismes peuvent être retrouvés dans 25 % des spécimens de cholécystectomie.
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