La distinction entre l'effet pharmacologique et l'effet thérapeutique d'un médicament peut être illustrée par deux exemples :
L'hypertension est traitée par des antihypertenseurs qui réduisent la pression artérielle et, à long terme, le risque d'infarctus du myocarde, d'accident vasculaire cérébral, d'insuffisance cardiaque et d'insuffisance rénale. Il existe des liens variables entre les maladies terminales et le cholestérol, le sexe, le tabagisme, etc. L'effet pharmacologique est la baisse de la tension artérielle, l'effet thérapeutique est la réduction des risques.
Les maladies infectieuses sont traitées par des antibiotiques, qui peuvent être bactériocides ou bactériostatiques, afin d'arrêter le processus infectieux. Il existe des liens variables entre la maladie et les défenses de l'hôte, qui peuvent être modifiées par l'immunocompétence, par exemple la compétence phagocytaire. L'effet pharmacologique est la prévention de la réplication de la bactérie, l'effet thérapeutique est la guérison de l'infection.
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