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Le traitement optimal de l'AVC cardioembolique aigu représente un équilibre entre la réduction de la récurrence précoce de l'embolie et la précipitation de l'hémorragie cérébrale secondaire. Environ 12 % des patients ayant subi un accident vasculaire cérébral cardioembolique aigu présentent une récidive dans les deux semaines ; ce chiffre s'élève à environ 20 % en cas de fibrillation auriculaire associée.
L'héparine intraveineuse doit être administrée 48 heures après l'accident. Ce délai est conseillé en raison de la propension des AVC cardioemboliques à subir une transformation hémorragique secondaire. L'anticoagulation doit être retardée jusqu'à 7-10 jours après l'événement en cas de déficits neurologiques graves.
Les antibiotiques en tant que tels sont associés à une réduction de la récurrence lorsque l'on soupçonne une endocardite infectieuse.
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