Des cultures négatives sont observées dans 3 à 20 % des cas, généralement à la suite d'un traitement antibiotique antérieur. Les autres causes possibles sont les suivantes :
- les streptocoques fastidieux et les anaérobies
- Coxiella burnetti, fièvre Q, nécessite des tests de fixation du complément.
- Chlamydia - nécessite une immunofluorescence ou une fixation du complément
- Candida - nécessite un test antigénique
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