La théorie qui sous-tend l'utilisation d'antibiotiques locaux pour les maladies parodontales est qu'une concentration élevée et soutenue d'antibiotique est atteinte au niveau du site requis avec peu d'effets systémiques. Les gels antibiotiques sont un exemple d'agent local ; ils sont introduits à l'aide d'une seringue directement dans la poche malade.
Parmi les préparations disponibles dans le commerce, citons le gel de minocycline et le gel de métronidazole. Il n'y a pas de preuve évidente que l'un ou l'autre de ces agents soit meilleur que le débridement conventionnel seul pour les zones d'inflammation peu profondes.
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