Le traitement médical initial doit être mis en place avant que les bébés présentant une cyanose sévère ne soient transférés pour une réparation chirurgicale de l'AGT.
L'objectif de l'intervention médicale est de maintenir la perméabilité du canal artériel. Il peut être nécessaire de gérer l'acidose métabolique à l'aide d'alcalins.
L'objectif global est d'effectuer une réparation avant l'apparition d'une hypertrophie du ventricule droit et d'une atrophie du ventricule gauche. Celles-ci sont plus probables après l'âge de trois semaines.
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