Les diagnostics différentiels du syndrome de fatigue chronique sont les suivants :
- la dépression ; il subsiste une croyance populaire selon laquelle l'affection est due à une maladie dépressive présentant de fortes caractéristiques somatiques
- l'anxiété
- Maladie de Lyme - dans les régions du pays où la maladie de Lyme est endémique, ce diagnostic doit être exclu car les symptômes sont très similaires.
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