Le pronostic dépend de l'étiologie et de la gravité de la maladie :
- grossesse - 90 % de mortalité
- hépatite virale - 60 % de mortalité
- thymome - l'ablation de la tumeur peut entraîner une guérison complète
- tuberculose - le traitement réussi de l'infection est associé à une guérison hématologique complète
- l'anémie aplasique sévère a moins de 50 % de chances de survie au-delà de 6 mois
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