Histologiquement, le thymus adulte peut être noté pour sa concentration de tissu fibro-graisseux homogène. Avant que la graisse ne se dépose - à partir de la fin de la puberté - il est noté :
Les vaisseaux sanguins des travées sont séparés des lymphocytes du cortex et de la médulla externe par un arrangement complexe de tissu conjonctif, de cellules épithéliales et d'autres cellules. D'un point de vue fonctionnel, cet agencement semble empêcher le passage de grosses molécules des vaisseaux vers le thymus et vice versa. Il s'agit de la barrière hémato-thymique.
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