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Malgré des améliorations considérables dans la prise en charge des abcès cérébraux, cette pathologie reste grevée d'une mortalité élevée (20 à 30 %). Les taux de mortalité les plus élevés sont liés aux abcès bronchogéniques - 70% - et aux traumatismes crâniens - 10-20%.
Le pronostic dépend fortement de la rapidité et de l'adéquation du traitement : s'il est instauré avant l'apparition du coma, la mortalité est réduite de 50 % à 10 %.
À long terme, l'abcès cérébral présente une morbidité considérable, avec des troubles neurologiques dans 50 % des cas. Les problèmes les plus fréquents sont l'hémiparésie, la dysphasie et les troubles du champ visuel. Les crises d'épilepsie touchent au moins 30 % des survivants d'abcès cérébraux, et l'administration d'antiépileptiques prophylactiques, comme la phénytoïne, a du sens.
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