Le nerf hypoglosse naît dans le noyau hypoglosse de la moelle, dans le plancher du quatrième ventricule, au niveau de l'olive inférieure. Des radicelles émergent du tronc cérébral entre les olives inférieures et les pyramides pour fusionner en un faisceau qui passe par le canal hypoglosse. Elle descend entre l'artère carotide interne et la veine jugulaire interne. Juste au-dessus de la bifurcation de l'artère carotide commune, les fibres hypoglosses pénètrent dans le plancher de la bouche pour innerver les muscles extrinsèques et intrinsèques de la langue.
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