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Le nerf pharyngien émerge de chaque côté du ganglion inférieur du nerf vague. Il contourne l'artère carotide interne, entre celle-ci et la veine jugulaire interne, pour passer en position postéro-médiale à la partie postérieure du pharynx. Il s'y ramifie pour rejoindre le plexus pharyngien au niveau des constricteurs moyens du pharynx.
Du point de vue de son origine anatomique, le nerf pharyngien est une branche du nerf vague. Cependant, il transporte principalement des fibres nerveuses provenant de la partie accessoire du nerf crânien, qui prennent naissance dans le noyau ambigu de la moelle. Il peut également y avoir quelques fibres sensorielles vers le noyau sensoriel du nerf trijumeau.
Par l'intermédiaire du plexus pharyngien, le nerf pharyngien fournit la plupart des fibres motrices aux muscles suivants :
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