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La chorée de Huntington se caractérise par une atrophie cérébrale avec une perte marquée de petits neurones dans le putamen et le noyau caudé.
Cette maladie s'accompagne également de modifications des neurotransmetteurs :
Au niveau cellulaire, les neurones en dégénérescence présentent des inclusions intranucléaires de protéine huntingtine agrégée. On pense que les résidus de glutamine codés par les répétitions CAG étendues favorisent une agrégation de la protéine de type amyloïde.
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