Le pronostic de la méningite néonatale dépend de facteurs tels que
- présence importante de bactéries dans le LCR
- stérilisation tardive du LCR
- une concentration de leucocytes dans le LCR supérieure à 10 000 par millilitre
- la présence d'une perte neurologique focale au moment du diagnostic
- des crises d'épilepsie pendant plus de quatre jours.
Si ces éléments sont présents, il y a un risque accru d'anomalie neurologique, généralement une perte d'audition.
La mortalité est comprise entre 20 et 50 % pour les méningites apparues avant une semaine, et entre 10 et 20 % pour les méningites apparues après une semaine.
50 % des survivants présentent un certain degré de morbidité, qui est grave dans 30 % des cas.
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