Le sinus veineux thrombosé porte initialement un caillot rouge lâche qui, avec le temps, devient pâle et adhère aux parois du vaisseau. En cas d'étiologie infectieuse, le caillot peut lui-même être colonisé, et cette infection peut se propager localement aux leptoméninges ou à un abcès, ou systémiquement via des emboles septiques.
Le territoire du sinus atteint présente un œdème congestif, voire un infarctus veineux hémorragique.
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