Les glucides à activité osmotique retiennent l'eau dans l'intestin grêle, ce qui produit :
Les graisses non absorbées entravent l'absorption du sel et de l'eau dans le côlon, ce qui provoque une stéatorrhée accompagnée de selles volumineuses et nauséabondes, avec des globules huileux dans la cuvette après le rinçage. Le volume des selles est plus important que leur fréquence, contrairement à la diarrhée des maladies coliques.
La malabsorption des protéines entraîne une fonte musculaire, des œdèmes et, rarement, une ascite.
Les autres effets généraux sont une perte de poids, généralement due à l'anorexie et à l'évitement des aliments qui aggravent les symptômes. Dans de rares cas, l'appétit augmente.
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