Les causes sont les suivantes :
- ulcère gastroduodénal perforé, le plus souvent duodénal
- diverticule perforé
- traumatique, y compris les blessures par arme blanche et iatrogène, par exemple en tant que complication de la coloscopie
- maladie inflammatoire de l'intestin : complication d'un mégacôlon toxique dans la colite ulcéreuse, complication rare dans la maladie de Crohn, mais la perforation avec formation d'un abcès local ou d'une fistule est plus fréquente
- rarement à la suite d'une nécrose tumorale
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