Le principe de l'hybridation in situ consiste à utiliser de l'ADN ou de l'ARN marqué du gène d'intérêt pour identifier un segment correspondant dans le génome. Ce segment peut être représenté par une position distincte sur un chromosome ou par une zone marquée à l'intérieur d'une cellule individuelle ou d'une région d'un tissu.
L'ADN du gène peut être synthétisé par clonage d'ADN complémentaire à partir de l'ARN messager ou par isolement de l'ADN à partir d'une bibliothèque chromosomique spécifique. L'ADN est transformé en un seul brin avant d'être radiomarqué puis ajouté à une préparation chromosomique standard.
La séquence d'ADN complémentaire est révélée par autoradiographie ou par imagerie fluorescente.
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