La branche afférente du réflexe cornéen se déplace dans la division ophtalmique du nerf trijumeau à partir des récepteurs du toucher de la conjonctive et de la cornée. En revenant par la fissure orbitale supérieure et le ganglion trigéminal, les fibres nerveuses passent ensuite au noyau sensoriel principal du nerf trijumeau.
De là, la voie efférente passe par des interneurones vers les noyaux moteurs du nerf facial. Le nerf facial passe par le foramen stylomastoïdien pour alimenter le muscle orbicularis oculi, provoquant ainsi la fermeture des paupières lors du déclenchement du réflexe.
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