L'étiologie de la clinodactylie est inconnue. Le mécanisme commun de déviation implique une anomalie dans la croissance de la phalange moyenne qui fait basculer l'alignement d'une surface articulaire interphalangienne - généralement l'articulation interphalangienne distale - par rapport à l'axe du doigt.
Une étiologie courante est la formation d'une "phalange delta".phalange deltaà l'intérieur de la phalange moyenne. Ce phénomène est également connu sous le nom d'épiphyse longitudinale en crochet ou d'épiphyse longitudinale en crochet. Au lieu de la physis transversale normale, cette physis orientée longitudinalement s'étend autour de la phalange en forme de "C", la partie ouverte faisant face à l'ulna. La restriction longitudinale sur le côté non ouvert entraîne une croissance sans contrainte du côté opposé. Une phalange moyenne en forme de coin résulte de la déviation de la surface articulaire de l'articulation interphalangienne distale.
Parfois, une déformation similaire est due à la présence d'une bande fibreuse sur le côté cubital de l'articulation, qui agit comme une bande de constriction externe.
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