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Les premiers stades se caractérisent par une hypertrophie glandulaire, une rupture folliculaire et une invasion neutrophile. Plus tard, on observe des macrophages et des cellules géantes multinucléées enveloppant des fragments de colloïde. Ceux-ci ressemblent à des granulomes.
Des anticorps viraux sont détectables dans environ la moitié des cas.
L'hyperthyroïdie transitoire initiale est due à la fuite d'hormones thyroïdiennes préformées à partir des cellules folliculaires endommagées. La rupture folliculaire explique également la faible ou l'absence de captation de l'iode radioactif.
L'hypothyroïdie transitoire qui s'ensuit est due à la destruction de la glande. La régénération des follicules, généralement à partir des bords des zones les plus gravement touchées, entraîne le rétablissement de la fonction thyroïdienne.
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