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Les médicaments anticholinergiques, tels que l'atropine, et les médicaments ayant des effets anticholinergiques, tels que l'imipramine et l'amitriptyline, antagonisent l'action prokinétique du cisapride.
Les médicaments qui inhibent le métabolisme du cisapride, comme la clarithromycine, l'érythromycine, le fluconazole, l'itraconazole, le kétoconazole et le miconazole, ont été impliqués dans l'allongement de l'intervalle QT. Des arythmies ventriculaires potentiellement mortelles peuvent en résulter.
Le cisapride peut allonger le temps de prothrombine chez les patients sous anticoagulants ; la coagulation doit être contrôlée régulièrement.
Les effets sédatifs de l'alcool et des benzodiazépines peuvent être accélérés par le cisapride.
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